主人公「九城 渚（くじょう なぎさ）」はある日、謎の黒服の男たちに襲撃され、とある地下施設につれて行かれてしまう。【地下8階 冷凍睡眠室】謎の少女の声で目覚める渚。声の主は「美月（みつき）」と名乗り、渚の体内に埋め込まれているナノマシンの中から話しかけている。美月の話によると、もうすぐこの部屋には、悪の組織’シャルダーク’の戦闘員がやってくる。渚は美月と協力し、謎の地下組織からの脱出を目指す-